بازی داستان نسخه اصلی را با تغییراتی اصولی دنبال میکند. قصه ای که روایتگر عضو سابق Soldier بنام کلود استرایف است که بنا به دلایلی آنجا را ترک کرده و اکنون به عنوان یک مزدور به گروه Avalanche پیوسته تا مانعی برای سازمان شینرا و فعالیتهای مخرب آن باشد.